No Japão feudal, durante a metade do período Xogunato Tokugawa, 2º ano da era Tenmei (1782), um ronin (samurai sem mestre) chamado Manji é contratado para matar aqueles que negam a pagar os impostos. Ao perceber que estava matando inocentes, Manji se rebela contra seu contratante e acaba matando ele e todos os seus 99 guarda-costas, assim ficou conhecido como o "matador de 100" . Bastante ferido, Manji recebe os cuidados de uma monja, que ao lhe dar o "chá de vermes" acaba lhe concedendo também a imortalidade. Do outro lado de Edo, estava uma jovem chamada Rin, que, ao ter seus pais assassinados por um dojo rival, vaga pela cidade atrás de um mercenário que possa vingá-los, e acaba conhecendo Manji.

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